Năm 1996 BHYT vẫn từng bước được cải thiện nhưng BHYT tại các địa phương hoạt động độc lập, nên không cân bằng được sự thâm hụt và thừa thãi với nhau. Do vậy nơi thừa nơi thiếu mà vẫn chưa có nơi thống nhất để cân bằng, điều tiết được nguồn quỹ BHYT tại các địa phương với nhau. BHYT Việt Nam vẫn chưa thực hiện được chức năng quản lý thống nhất.
Cuối năm 1997 tình trạng bội chi đã xuất hiện tại các địa phương do việc tham gia khám chữa bệnh tăng trong khi mức phí vẫn như cũ và tình trạng đóng không đúng mức thu nhập thực tế. Như một dây chuyền trong sản xuất tình trạng bội chi kéo dài từ địa phương này sang địa phương khác đã đặt ra một vấn đề đối với cơ quan quản lý BHYT và Chính phủ là làm sao để khắc phục được tình trạng này cũng như đưa ra hướng mới cho chính sách BHYT – đó là đưa ra những Điều lệ bổ sung cho chính sách BHYT cũ.
Ngày 13/08/1998 Nghị định số 58/1998/NĐ-CP đã ra đời, ngoài việc điều chỉnh những điều về quyền lợi, trách nhiệm của người tham gia mà còn đổi mới trong chính sách quản lý về nghiệp vụ và tài chính BHYT. Thành công lớn nhất của Nghị định số 58/1998/NĐ-CP đã hình thành bộ máy BHYT Việt Nam thống nhất từ Trung ương đến địa phương.
Điều lệ mới ra đời đánh dấu một bước ngoặt chuyển đổi lớn của Chính phủ về chính sách BHYT. Công tác khai thác và phát hành thẻ tăng đáng kể, đối tượng tham gia tăng gấp hai lần so với năm 1992, nhất là đối tượng BHYT tự nguyện (năm 1998 đối tượng tham gia BHYT bắt buộc là 6.069 ngàn người, BHYT tự nguyện.
Ngày 29/01/1999 liên Bộ Lao động TBXH-Bộ Y tế-Bộ Tài chính ban hành Thông tư liên tịch số 05/1999/TTLT-BLĐTBXH-BYT-BTC hướng dẫn thực hiện khám chữa bệnh miễn nộp một phần viện phí đối với người thuộc diện quá nghèo làm cơ sở pháp lý thực hiện chính sách BHYT cho người nghèo.
Đầu năm 1999, chế độ cùng chi trả BHYT theo tỷ lệ 80% và 20% đã được áp dụng. Với chế độ này người khám chữa bệnh BHYT đã quan tâm đến việc sử dụng các dịch vụ y tế hơn là khả năng tài chính của bản thân.
Thời kỳ này dù đã đổi mới chính sách để thích ứng với thực tế; nhưng cũng phải nhìn nhận lại sự thật BHYT vẫn là ngành độc quyền của Nhà nước, chưa có sự cạnh tranh rõ rệt của các tổ chức tư nhân trong và ngoài nước. Thái độ của người dân với BHYT chỉ là sự quan tâm của những người nghèo, tài chính thấp còn đối với tầng lớp có thu nhập cao hơn thì đa số rất ít sử dụng đến thẻ khám chữa bệnh BHYT, nếu có đau yếu thì họ vẫn vào các phòng mạch tư hoặc đi thẳng đến bệnh viện, cơ sở y tế mà không màng đến việc mình có mang theo thẻ BHYT hay không.
