BHXH Việt Nam được thành lập theo Nghị định 19/CP ngày 16/02/1995 của Chính Phủ và ngày 26/09/1995 Chính phủ ra Quyết định số 606/TTg ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của BHXH Việt Nam. Theo đó, BHXH Việt Nam là cơ quan sự nghiệp thuộc Chính phủ chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ, chịu sự quản lý nhà nước của Bộ LĐTB&XH về BHXH, của Bộ Y tế về BHYT, của Bộ Tài chính về chế độ tài chính đối với các quỹ BHXH, BHYT. Bộ máy quản lý của BHXH Việt Nam cũng được tổ chức theo ba cấp: Bảo hiểm xã hội Việt Nam là đơn vị dự toán cấp 1; BHXH các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi là BHXH tỉnh), văn phòng BHXH Việt Nam, Trung tâm nghiên cứu khoa học, Trung tâm đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ BHXH, Trung tâm thông tin, Đại diện BHXH Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh, Tạp chí BHXH, Báo BHXH là các đơn vị dự toán cấp 2; BHXH các quận huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (sau đây gọi là BHXH huyện) là đơn vị dự toán cấp 3.
Các đơn vị dự toán cấp 1, cấp 2, cấp 3 có tư cách pháp nhân đầy đủ, thực hiện hạch toán kế toán, báo cáo quyết toán hoạt động tài chính của từng đơn vị đồng thời thực hiện hạch toán kế toán tập trung tại BHXH Việt Nam.
