Theo các các quy định hiện hành, chính sách BHYT tập trung chủ yếu cho khu vực điều trị mà không hỗ trợ cho khu vực dự phòng. Thông tư21/2005 hướng dẫn thực hiện Điều lệ BHYT nêu rõ người tham gia BHYT được hưởngquyền lợi khi “khám bệnh, chẩn đoán và phục hồi chức năng trong thời gian điều trị tại các cơsở y tế”. Chẩn đoán, điều trị một số bệnh xã hội có khả năng lây nhiễm cao cho cộng đồng cũng không được thanh toán từ nguồn BHYT (ví dụ một số bệnh lây nhiễm qua đường tình dục). Toàn bộ các dịch vụ y tế dự phòng hoặc được nguồn ngân sách Nhà nước bao cấp, họăc người tham gia BHYT phải chi trả. Các xét nghiệm sàng lọc (screening) chẩn đoán sớm một số bệnh được coi là rất hiệu quả trong điều trị (ví dụ phát hiện ung thưvú sớm ở phụ nữ) cho tới nay chưa thuộc lĩnh vực thanh toán của BHYT.
Sự thiếu hụt của chính sách BHYT ở khu vực dự phòng là một trong những điểm cần cân nhắc xem xét điều chỉnh phù hợp với khả năng của quỹ BHYT, bởi đầu tưvào khu vực dự phòng là đầu tưmang lại hiệu quả cao, bảo đảm tốt hơn lợi ích của ngừoi tham gia BHYT cũng nhưlợi ích của quỹ BHYT.
Những hạn chế chủ yếu của hệ thống cung ứng dịch vụ bao gồm: Mạng lưới chăm sóc ban đầu chưa thỏa mãn nhu cầu tiếp cận dịch vụ y tế thuận lợi và có chất lượng. Ơ khu vực nông thôn, trạm y tế xã là điểm tiếp cận gần dân nhất, nhưng đa số y – bác sĩ ở xã ít có thời gian và thiếu điều kiện (chuyên môn, trang bị kỹ thuật, thuốc) để chăm sóc, khám chữa bệnh cho người có BHYT.
Điều này càng rõ hơn khi cần chăm sóc, theo dõi các bệnh không lây truyền ở tuyến xã. Đa số người tham gia BHYT phải đến các bệnh viện tuyến trên để đạt được mục tiêu về chất lượng dịch vụ;
Khám chữa bệnh vượt tuyến dẫn tới sự quá tải ở tuyến trên (bệnh viện tỉnh, đặc biệt là các bệnh viện trung ương) và sự tốn kém của người tham gia BHYT. Những tốn kém này xuất phát từ chi phí không chính thức và chi phí cơ hội rất đáng kể ở tuyến trên; những chi phí này thường lớn hơn so với chi phí được BHYT chi trả;
